Prodi melaksanakan kebijakan manajemen SDM terkait dengan penetapan standar perguruan tinggi yang meliputi kualifikasi, kompetensi, beban kerja, proporsi serta pengelolaan sumber daya manusia (dosen dan tenaga kependidikan) berdasarkan:

1. Undang-undang RI no. 5 tahun 2014 tentang ASN, 
2. Peraturan Pemerintah RI no.11 tahun 2017 tentang manajemen PNS, 
3. PMA no. 42 tahun 2016 tentang Ortaker Kementerian Agama, 
4. Keputusan Rektor nomor 200 Tahun 2017 tentang Pengelolaan Dosen tetap Bukan PNS, Badan layanan Umum UIN Sunan Kalijaga
5. SK Rektor No. 227.6 Tahun 2019 tentang Penetapan pedoman Mutu UIN Sunan Kalijaga merupakan dasar penyusunan kebijakan bidang SDM UIN Sunan Kalijaga yang menetapkan dokumen mutu SPMI yang terdiri dari standar mutu, sasaran mutu, dan rencana mutu dosen dan tenaga kependidikan UIN Sunan Kalijaga.  

Pengelolaan sumber daya manusia yang meliputi perencanaan, rekrutmen, seleksi, penempatan, pengembangan, retensi, pemberhentian, dan pensiun yang telah ditetapkan untuk memenuhi kebutuhan pendidikan, penelitian, dan PkM merujuk kepada kebijakan pemerintah NKRI dalam:

1. UU RI No. 17 Tahun 2014 tentang Aparatur Sipil Negara,
2. PP No. 11 Tahun 2017 tentang Manajemen Pegawai Negeri Sipil, dan
3. Keputusan BKN Nomor 13 Tahun 2013 tanggal 21 April 2013 jo PP no 11 tahun 2017 tentang ketentuan pemberian ijin Pindah Tugas PNS, dan lain-lain. 

Pedoman internal institusi terkait hal tersebut berpedoman kepada Statuta UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta Tahun 2006, SOP PBM-UINSK-09-01 dan Standar Mutu, Sasaran Mutu, dan Rencana Mutu SDM Tahun 2019 antara lain:

1. Keputusan Rektor nomor 200 Tahun 2017 tentang Pengelolaan Dosen tetap Bukan PNS, Badan layanan Umum UIN Sunan kalijaga,
2. Keputusan Rektor nomor 90.1 tahun 2017 tentang Pedoman manajemen SDM UIN Sunan kalijaga, 
3. Keputusan Rektor nomor 52.1 tahun 2019 tentang Pedoaman Beban kerja Dosen dan Evaluasi Pelaksanaan Tridharma Perguruan Tinggi, dan kebijakan SDM,